1968年美国运输数据协调委员会成立，标志着“电子数据交换（EDI）的诞生”。当时，埃德·吉尔伯特（Ed Guilbert）与汽车、海运、航空和铁路等各组的成员共同商定了物流渠道中物料运输的数据标准。
        1979年，美国国家标准协会（ANSI）成立了X12委员会。该委员会制定了北美电子数据交换标准。他们最初制定了采购订单、发票、装运信息等标准，随后引入了物流等其他领域的标准，后来又添加了保险、教育等领域的标准。X12已定义了300多种文档标准。
        1982年，英国标准Tradacoms诞生，至今仍在使用。
        1987年，欧洲制定了类似于X12和Tradacoms的标准——EDIFACT，即用于行政管理、商业和运输的电子数据交换标准。EDIFACT至今仍是欧洲最流行的数据标准。在同一时期，还出现了一些特定的汽车行业标准，如德国汽车行业的VDA标准、巴西汽车行业的RND标准以及欧洲的ODETTE标准。
        在EDI发展的早期阶段，数据传输主要依靠速度极慢的调制解调器，通过电话基础设施进行点对点传输。为了减少为每个合作伙伴单独设置系统的麻烦，增值网络（VAN）邮箱/存储转发服务应运而生。最早的增值网络出现在20世纪70年代，如Sterling公司的Ordernet和Comnet。
        到了20世纪80年代中期，增值网络开始实现互联互通。
        到了20世纪90年代初，大多数流行的EDI网络已实现互联互通。例如，IBM Sterling增值网络就与100多个其他EDI网络实现了互联。企业通过共享电话线路和调制解调器或租用线路连接到其增值网络，然后利用EDI消息周围的封装信息，增值网络会将消息转发到接收交易伙伴的邮箱中。
        20世纪90年代，随着零售商和大型汽车制造商要求其供应商启用EDI，EDI的兴趣和交易量大幅增长。行业巨头的强制要求确保了大多数供应商都具备了一定的EDI能力。随着供应商群体普遍启用EDI，下一级零售商和汽车制造商不仅看到了EDI的好处，而且其供应商群体也已准备就绪。在EDI领域，这被称为“沃尔玛效应”。
        到了20世纪90年代中期，互联网显然将成为未来数据传输的主要方式。然而，商业文档需要通过互联网以不同于当时正在开发的网页的方式进行传输。互联网EDI工作组（IETF）制定了EDIINT（互联网上的EDI）适用性声明1（AS1），这是一种将EDI和其他结构化数据封装在SMTP电子邮件消息中使用多用途互联网邮件扩展（MIME）头的方法。可以将其视为电子邮件消息中的指令，告诉接收服务器数据的类型以及如何处理它。AS1得到了一定程度的推广，并出现了一些能够处理基于AS1 SMTP的消息的B2B网关软件。20世纪90年代末至2000年，IETF制定了AS2规范，该规范使用HTTP作为基础通信协议，并通过HTTPS和证书提供安全性。     2002年，当沃尔玛强制要求其供应商不再使用增值网络，而是严格通过AS2向其发送数据时，AS2变得非常流行。

         有人认为这将是增值网络的终结。然而，当时已经建立了重要的基础设施，许多业务关系都通过增值网络运行。增值网络上每份文档的成本降低了，公司意识到这些通过互联网的“直接连接”需要维护和专业知识。现在，在几乎任何EDI实现中，都会发现增值网络通信和直接连接混合使用的情况。
         直到20世纪90年代中期，X12、EDIFACT和其他类似标准几乎仅用于企业对企业文档消息的传输。然而，到了20世纪90年代末，公司开始关注XML（可扩展标记语言）作为一种描述数据的方式。当时的数据传输速度已大大提高，因此XML较大的数据文件不再构成太大问题，也不再需要像EDI标准那样紧凑。最初出现的基于XML的标准之一是Rosettanet，该标准被美国高科技行业使用。Rosettanet描述了合作伙伴接口协议（PIPs），其中对文档集进行了编排，文档格式基于XML。大约在同一时间，还定义了其他基于XML的专有标准，如Ariba的cXML。使用XML定义自己的文档标准变得相当简单，因为有现成的模式定义工具可用。XML在编程方面比电子数据交换标准具有优势，因为数据是“自描述的”，可以在网页浏览器等工具中呈现，供人们阅读而无需映射。

         1999年至2001年期间，ebXML（基于XML的电子商务）小组结合了当时的数据标准（如XML）和互联网EDI通信选项（如AS2）以及Web服务（如SOAP），形成了一套全面的标准。然而，由于该标准出台的时间恰好在沃尔玛强制要求使用AS2之前，导致美国大多数大公司都锁定了AS2标准，因此该标准并未得到广泛采用。
         然而，ebXML的理念在PEPPOL（泛欧公共采购在线）于2009年至2010年正式组织起来，并于2012年成为欧洲公共采购标准时得以复兴。PEPPOL是一种基于XML的标准，对公司如何利用接入点以及这些接入点如何相互通信进行了优雅的定义。虽然PEPPOL通常与电子发票相关联，但它具有针对多种不同文档类型的广泛业务信息标准，并已远远超出了其公共/政府根源。事实上，PEPPOL已超越其欧洲起源，成为新加坡、澳大利亚和亚洲其他新兴地区的数据标准。2020年，全大写的PEPPOL缩写改为“Peppol”，以表明该标准已远远超出了“E”（代表欧洲）的范畴。
         2000年代初，电子发票成为电子数据交换领域的一个专门子集，并在2010年得到加速发展。智利、墨西哥和巴西等国家定义了自己的基于XML的布局和程序，要求公司每次开票和货物移动时都要与政府或政府代理机构联系。这些努力大多旨在向政府提供发票的财务信息，而对实际实现公司间流程自动化的关注并不多。与此同时，欧洲在2010年前后对发票的签署和归档要求也在增加。需要各种机制来事后证明发票的有效性、真实性和完整性。

         如前所述，Peppol已扩展到欧洲以外的国家，这些国家的政府选择将其作为电子发票的标准。电子发票领域每年都会发生相当大的变化。如前所述，关于发票的很多内容只是政府希望确保他们能收到应得的税款，但一些国家正在努力在实现税务合规的同时，创建增强自动化的数据标准。例如，哥伦比亚从2017年开始试点，并于2019年开始强制要求电子发票，其电子发票数据格式采用了UBL（通用商业语言），这与Peppol的数据结构相关。

        以下是电子数据交换历史中值得关注的其他几个方面。1996年，美国政府希望实现医疗保健流程的自动化并加强控制。政府签署了立法，指定ANSI X12数据结构为标准。有趣的是，由于《健康保险流通与责任法案》（HIPAA）的实施直到2003年才得到强制执行，而当时许多EDI/B2B领域正在转向基于XML的文档，因此HIPAA的强制要求为传统EDI标准注入了新的活力。IBM并不通过SCBN增值网络处理医疗保健文档，但其ITX数据翻译产品在所有医疗保健相关数据标准方面极为有效。这仍然是IBM B2B协作传统软件方面的一个重要市场。除了HIPAA之外，IBM的软件产品在保险（ACORD）、国际支付（SWIFT）、北美清算所（NACHA）和德国电子银行互联网通信标准（EBICS）等其他领域也有显著应用，但SCBN在这些领域并不相关。在这些领域，应转向软件选项。
         虽然ANSI X12和EDIFACT几乎仅用于企业对企业之间的文档传输，但XML则用于许多不同类型的编程接口。因此，程序员对XML非常熟悉，并且不需要像传统EDI标准那样使用专门的数据标准翻译软件。基于行业的B2B定义如Rosettanet或CXML等格式已经出现，但并未完全取代EDI。仅仅使用XML格式而不是X12格式，并不足以证明拆分现有关系的合理性。例如，沃尔玛有数千家供应商每天都在与其进行基于X12的数据交易。

         在21世纪初，面向服务的架构（SOA）作为一种模块化程序的方法开始受到关注，这种方法能够以统一的方式访问后端数据存储，无论是由用户界面还是自动化流程调用。传统的EDI在一定程度上是面向批处理的，从其最初根源来看，可能会一次性向增值网络发送大量采购订单，然后分发给供应商。虽然EDI支持发送单个文档，但无法实现更细粒度的服务。在SOA世界中，更细粒度的服务开始出现，使用基于XML的数据结构在程序之间移动数据的API（应用程序编程接口）概念开始流行。这种风格也开始在企业之间得到关注。由于XML数据可能较大，即使互联网速度很快，目前另一种标准“JSON”（JavaScript对象表示法）已成为这些基于服务的架构的流行选择。程序员友好的工具如Swagger使得定义和测试公司之间的接口变得更加简单。

         现在，我们看到许多公司开始通过基于“REST”（表述性状态转移）的API，以JSON为格式进行企业对企业之间的通信。可以将REST API视为一种网络友好的程序间通信方式。REST在很大程度上取代了微软开发的更结构化但更重的“SOAP”协议。